日本电子游戏市场进入最为昌盛的黄金时期，然而电脑游戏市场却在不断衰退。由于在电子游戏市场上根基不牢，这段时期内光荣的经营状况持续低迷，家用机作品以全盘推出以往名作为主，几乎没有什么值得一提的新作。1998年初在某著名杂志的读者调查统计中，光荣成为最有可能倒闭的游戏公司之一。在这种背景下诞生的《三国志VI》背负着沉重的历史使命，光荣为其投入了高额的开发预算。由于此时Windows已经成为主流操作系统，《三国志VI》于是采用全新引擎制作，所需硬件配置在当时来看还是相当高的。由于跳跃到Windows平台，《三国志VI》无论在图像清晰度还是精致程度上都令人满意。光荣还找画师重新绘制了620张人物肖像，另外还在游戏中加入了精彩的片头和片尾动画，彰显其大作风范。继前作的音乐大受好评后，本次光荣再接再厉，为游戏创作了26首高水准的背景音乐，并且大量采用管弦与古典民族乐器相搭配的方式尽显历史模拟游戏的古风古韵。

仿佛是在强调这是一款Windows游戏，《三国志VI》中采用了全视窗式界面，不过这一点也成为玩家们诟病的地方，不少人认为《三国志VI》感觉象个Windows程序，一点都没有系列应有的古典感觉。本作的战争系统也做了相当激进的改动，攻城战中首次引入了半即时制作战模式，游戏中的指令为三天一个周期，电脑会在命令下达后的三天内执行指令，这样的设定大大增加了战争中的不确定因素，与实际战争情况颇为相似。战争谋略方面也进行了极大的简化，去掉了前作的阵型系统，弱化了火攻的作用。以往作品中以少胜多的战略技巧在本作中很难实现。值得一提的是本作的单挑系统。经过数代强化之后，本作的单挑系统已经非常完美，武力并非决定胜负的唯一因素，招式种类和顺序的安排也是取胜的关键。单挑中丰富细腻的人物动作也非常值得赞扬。

《三国志VI》系统上另外一个最为明显的创新在于对武将性格的刻画。武将终于出现了性格和梦想，而这又与游戏中的忠诚度概念紧密相关。由于理想的不同，相同的指令对不同的武将将会造成不同的后果。追求安逸的武将不喜欢战争，追求武力的武将不喜欢内政。如果给武将下达与理想相反的指令将会降低其忠诚度，忠诚度低的武将将会叛逃甚至政变。